Ngoài mâu thuẫn giữa người chủ sở hữu và người đại diện, lý thuyết người đại diện còn nhận diện và chỉ rõ mâu thuẫn có thể xảy ra giữa những người chủ sở hữu. Cụ thể là mâu thuẫn giữa cổ đông kiểm soát và cổ đông không kiểm soát, cổ đông lớn và cổ đông nhỏ. Khi khung pháp lý không đủ chặt chẽ để bảo vệ cho các cổ đông thiểu số, đặc biệt là các nền kinh tế mới nổi nơi mà hành lang pháp lý chưa kiện toàn, thì các cổ đông kiểm soát có thể lợi dụng quyền kiểm soát để tác động và điều khiển các quyết định của công ty nhắm làm giàu cho lợi ích cá nhân họ. Trong khi đó, các cổ đông thiểu số là người chia sẻ rủi ro tài chính với công ty lại không nhận được những lợi ích công bằng dựa trên vốn góp của họ.
Cơ cấu quyền sở hữu tập trung các vào các cổ đông lớn có thể tác động đến quản trị công ty theo hai hướng: Thứ nhất, khi có một lượng cổ đông lớn nắm giữ hầu hết cổ phiếu công ty tham gia kiểm soát một cách chặt chẽ các nhà quản trị, sẽ có tác dụng hạn chế mâu thuẫn giữa người đại diện và người chủ. Tuy nhiên, sự tập trung vốn này sự tập trung vốn này cũng có thể dẫn đến tác động thứ hai là sự lạm dụng và thao túng của cổ đông lớn, chiếm đoạt các lợi ích của cổ đông nhỏ, giảm tỷ lệ cổ tức và hành động vì lợi ích nhóm nếu như các cơ chế quản trị công ty bên ngoài hay khung hành lang pháp lý yếu. Do đó, các nhà nghiên cứu nhóm lý thuyết này đề xuất rằng việc phân chia quyền sở hữu của các cổ đông lớn có thể hạn chế được sự lạm quyền kiểm soát và chiếm dụng vì lợi ích nhóm. Đặc biệt, công ty cần lưu ý xây dựng các cơ chế giám sát mà ở đó các quyết định quan trọng của công ty cần phải được sự đồng thuận của đại đa số các cổ động.
Về tác động của lý thuyết người đại diện đối với quản trị công ty, nhiều nghiên cứu thực nghiệm đã chỉ ra hiệu quả công ty được cải thiện khi áp dụng hệ thống kiểm soát trên cơ sở lý thuyết người đại diện. Các nghiên cứu trước đã chỉ ra rằng, để hạn chế sự làm dụng của nhà quản lý và tác hại của nó đối với hiệu quả, các cổ đông có thể sử dụng các cơ chế quản trị công ty, bao gồm giám sát của Hội đồng quản trị và các cổ đông lơn bên ngoài. Thiết lập cơ chế khuyến khích quản trị dựa trên quan hệ hiệu quả lương thưởng và thưởng cổ phiếu để kết nối lợi ích người đại diện và người chủ.
