Các HTX nông nghiệp ở miền Bắc và Bắc Trung bộ đã được hình thành và phát triển từ những năm 50 của thế kỷ trước; sau một ít năm hòa bình, cả nước ta lại bước vào cuộc kháng chiến chống Mỹ cứu nước… Trong điều kiện của chiến tranh, cùng với hình thức quản lý tập trung, quan liêu bao cấp kèo dài ngay cả sau khi chiến tranh đã kết thúc; khiến nền kinh tế của nước ta nói chung và khu vực kinh tế HTX trì trệ kéo dài, nhà nông mà làm nông nghiệp không đủ ăn; mỗi năm, nước ta phải nhập hàng trăm triệu tấn lương thực đáp ứng nhu cầu lương thực, thực phẩm cho đời sống của nhân dân và tiêu dùng xã hội… Thời kỳ này; nhất là sau khoán 10 và khoán 100 trong nông nghiệp, nhiều HTX nông nghiệp bị giải thể hoặc chỉ tồn tại trên hình thức. Tuy nhiên, nhiều nơi sau khi giải thể HTX nông nghiệp, dẫn đến hậu quả, nhiều việc không thể làm được nếu không có HTX, như thủy lợi, bảo vệ thực vật, phân bón, giống và nhiều mặt khác về xã hội…
Nên Đảng, nhà nước ta có chủ trương chuyển đổi HTX nông nghiệp “kiểu cũ”, sang HTX dịch vụ nông nghiệp “kiểu mới” theo Luật HTX năm 1996 và Luật HTX bổ sung, sửa đổi năm 2003 và đến này là Luật HTX 2012. Đội ngũ cán bộ HTX có phần tinh giảm gọn nhẹ hơn, được tập huấn bồi dưỡng, đào tạo về chuyên môn nghiệp vụ, quản lý. Công tác quản lý trong HTX đã từng bước được củng cố và hoàn thiện; hầu hết các HTX đã xác định rõ chức năng, nhiệm vụ, giảm bớt những công việc làm thay, bao biện thuộc chức năng chính quyền.
Tài sản HTX được giao cho chủ quản lý cụ thể, thực hiện cơ chế giao khoán trách nhiệm gắn với khuyến khích lợi ích vật chất. Công nợ trong HTX được phân định rõ ràng về các khoản phải thu, các khoản phải trả. Công tác hạch toán đã từng bước được thực hiện theo chế độ hạch toán kế toán, hạch toán theo từng hoạt động dịch vụ trên cơ sở định mức kinh tế kỹ thuật được thành viên bàn bạc thông qua.
Tiếp theo luật hợp tác xã năm 2012 Bộ Tài Chính cũng phối hợp ban hành các thông tư hướng dẫn công tác quản lý tài chính kế toán hợp tác xã. Theo đó, ngày 28 tháng 03 năm 2017 Bộ Tài Chính ban hành thông tư 24/2017/TT-BTC hướng dẫn hạch toán kế toán hợp tác xã, thay thế hoàn toàn thông tư 24/2010/TT-BTC ban hành ngày 23/02/2010. Công tác quản lý tài chính: Thông tư 83/2015/TT-BTC hướng dẫn chế độ quản lý tài chính đối với hợp tác xã.
Sự đổi mới trong công tác chỉ đạo của nhà nước đã góp phần rất lớn cho hợp tác xã phát triển và đi liền với đó là bộ phận kế toán hợp tác xã không ngừng được hiện đại và hoàn thiện, bắt kịp với sự phát triển của xã hội. Ngày nay kế toán hợp tác xã đã được hiện đại hóa, ứng dụng công nghệ thông tin vào công tác điều hành và quản lý. Nhà nước đã kết hợp việc quản lý tài chính kế toán và thuế hợp tác xã cũng như các loại hình trong cả nước.
Những năm 2010 trở về trước việc sử dụng máy tính để quản lý tài chính hợp tác xã thì sau năm này việc sử dụng máy tính quản lý và điều hành bộ máy kế toán không còn xa lạ với các hợp tác xã. Nhiều hợp tác xã cũng đã dùng các công cụ để nộp thuế và kê thuế trực tuyến từ Tổng Cục Thuế.
Bên cạnh những hợp tác xã hoạt động hiệu quả cũng còn khá đông các hợp tác xã yếu kém đi liên với đó công tác quản lý kế toán được xem nhẹ, trình độ của cán bộ kế toán hợp tác xã còn nhiều hạn chế. Cán bộ kế toán không có chuyên môn, không được đào tạo thường xuyên định kỳ. Cán bộ thu nhập không ổn định và công việc có tính chất theo nhiệm kỳ. Dẫn tới bộ phận kế toán không được coi trọng. Phần nhiều rơi vào nhóm hợp tác xã quy mô thôn, quy mô nhỏ ở địa phương, hoặc nhóm hợp tác xã thành lập mang tính chất bắt buộc để đảm bảo pháp nhân kinh doanh.
